Investigation of Pathway Analysis Tools for mapping omics data to pathways

DSpace Repository

Investigation of Pathway Analysis Tools for mapping omics data to pathways

Overview

Detailed record

dc.contributor.author Konrad, Attila
dc.date.accessioned 2014-09-08T13:53:24Z
dc.date.available 2014-09-08T13:53:24Z
dc.date.issued 2014 en_US
dc.identifier.citation 53 en_US
dc.identifier.uri http://hdl.handle.net/2043/17684
dc.description Detta examensarbete granskar analysverktyg ur ett tvärvetenskapligt perspektiv. Det finns en hel del olika analysverktyg idag som analyserar specifika typer av omik data och därför undersöker vi hur många det finns samt vad de kan göra. Genom att definiera ett antal specifika krav såsom hur många typer av omik data den kan hantera, noggrannhet av verktygets analys så kan man se vilka som är mest lämpliga analysverktygen när det gäller kartläggning av omik data. Resultaten visar att det idag inte finns analysverktyg som uppfyller de specifikt angivna kraven eller huvudsyftet genom testning av programvaran. Ingenuity analysverktyget är det närmaste vi kan komma för de krav som vi söker. På begäran av slutanvändaren testades två analysverktyg för att se om en kombination av dessa kan uppfylla slut användarens krav. Analysverktyget Uniprot batch converter testas med FEvER men resultat är inte framgångsrikt, då kombinationen av dessa verktyg inte är bättre än Ingenuity analysverktyget. Fokus vänds mot en alternativ kombination som är en hemsida och heter NCBI. Hemsidan har en sökmotor kopplad till flera olika analysverktyg som är gratis att använda. Genom sökmotorn kan ”omik” data kombineras och mer än ett inmatat värde kan hanteras i taget. Eftersom tekniken snabbt går framåt innebär det däremot att nya analysverktyg behövs för data hantering och inom en snar framtid så har vi kanske ett analysverktyg som uppfyller kraven av slutanvändarna. en_US
dc.description.abstract This thesis examines PATs from a multidisciplinary view. There are a lot of PAT's existing today analyzing specific type of omics data, therefore we investigate them and what they can do. By defining some specific requirements such as how many omics data types it can handle, the accuracy of the PAT can be obtained to get the most suitable PAT when it comes to mapping omics data to pathways. Results show that no PATs found today fulfills the specific set of requirements or the main goal though software testing. The Ingenuity PAT is the closest to fulfill the requirements. Requested by the end user, two PATs are tested in combination to see if these can fulfill the requirements of the end user. Uniprot batch converter was tested with FEvER and results did not turn out successfully since the combination of the two PATs is no better than the Ingenuity PAT. Focus then turned to an alternative combination, a homepage called NCBI that have search engines connected to several free PATs available thus fulfilling the requirements. Through the search engine “omics” data can be combined and more than one input can be taken at a time. Since technology is rapidly moving forward, the need for new tools for data interpretation also grows. It means that in a near future we may be able to find a PAT that fulfills the requirements of the end users. en_US
dc.language.iso eng en_US
dc.publisher Malmö högskola/Teknik och samhälle en_US
dc.subject Biochemistry en_US
dc.subject Cardiovascular disease en_US
dc.subject Database en_US
dc.subject Genomics en_US
dc.subject Lipids en_US
dc.subject Lipidomics en_US
dc.subject Metabolomics en_US
dc.subject PAT en_US
dc.subject Technology en_US
dc.title Investigation of Pathway Analysis Tools for mapping omics data to pathways en_US
dc.type M2 en_US
dc.setspec.uppsok Technology en_US
 Find Full text Files for download
Icon

This item appears in the following Collection(s)

Overview

Search


Browse

My Account

Statistics