UNDERSÖKNING AV FLUOROKINOLONRESISTENS HOS MYCOPLASMA GENITALIUM

DSpace Repository

UNDERSÖKNING AV FLUOROKINOLONRESISTENS HOS MYCOPLASMA GENITALIUM

Details

Files for download
Blocked
Overview of item record
Publication Bachelor thesis
Title UNDERSÖKNING AV FLUOROKINOLONRESISTENS HOS MYCOPLASMA GENITALIUM
Author Abdulrahman, Govand
Date 2018
English abstract
Mycoplasma genitalium is an intracellular bacteria that is sexually transmitted. In women, M.genitalium causes urinary urgency and cervicit, and in males, mainly non-gonococcal urethritis, NGU. The first choice for the treatment of M. genitalium is macrolides, for example azithromycin. Second-hand treatment is the fluoroquinolones. The aim of this study was to describe mutations in the quinolone resistance determining region (QRDR) in the Topisomerase IV (parC gene) and in the DNA gyrase subunit A (gyrA gene) in M.genitalium positive isolates which also carries macrolide resistance in clinical samples within Region Skane. The method being used for analysing the mutations was DNA-sequencing. In addition, an optimization analysis was performed on different parameters (primer concentration, annealing temperature and cycles) of conventional PCR to achieve good sequencing results. A fisher's exact test with GraphPad QuickCalcs was also made to see how frequent fluoroquinolone mutations for each gene respectively are in this study compared to a study made in Melbourne, Australia. Mutations in QRDR were found in both parC gene (C234T, G248T, G259A, and G259T) and gyrA gene (G295A). The results for the optimization analysis showed that using 0.2 μM primer concentration to PCR mix for PCR, 58ºC annealing temperature and 50 cycles was considered most appropriate. The result from GraphPad QuickCalcs showed no difference in frequency between the studies concerning mutation in both genes and is statistically significant at significance level 0.05 with two-tailed test. The central purpose of describing mutations in the QRDR region aims to provide knowledge of mutations linked to fluoroquinolone resistance in M.genitalium isolates.
Swedish abstract
Mycoplasma genitalium är en intracellulär bakterie som är sexuellt överförbar. Hos kvinnor orsakar M.genitalium bland annat uretrit och cervicit och hos män främst non-gonococcal uretritis, NGU. Förstahandsval för behandling av M.genitalium är av makrolider, exempelvis azithromycin. Andrahandsvals- behandlingen är fluorokinoloner. Denna studie gick ut på att beskriva mutationer i ”quinolone resistance determining region (QRDR) i Topisomerase IV (parC genen) och i DNA gyras subunit A (gyrA genen) hos M. genitalium-positiva, som även bär på makrolid-resistens i kliniska prover inom Region Skåne. Metoden som användes var en konventionell PCR för amplifiering av parC och gyrA gen i patientproverna som sedan undersöktes via DNA-sekvensering. Vidare utfördes en optimeringsanalys på olika parametrar (primerkoncentration, annealingtemperatur och antal cykler) för konventionell PCR för att uppnå bra sekvenseringsresultat. Ett fisher´s exact test med GraphPad QuickCalcs gjordes också för att se hur frekvent mutationer kopplad till fluorokinoloner för respektive gen är i denna studie jämfört med mutationer i en utvald studie från Melbourne, Australien. Vid sekvenseringsanalys hittades mutationer i både parC (C234T, G248T, G259A, G259T) och gyrA (G295A). 0,2 µM primerkoncentration till PCR-mix inför PCR, 58º C annealingtemperatur och 50 cykler ansågs lämpligast vid optimeringsanalys. Resultatet från GraphPad QuickCalcs visade ingen skillnad mellan studierna i hur frekvent mutationer förekommer och är statistiskt signifikant vid signifikansnivå 0,05 med two-tailed test för båda gener. Det centrala syftet i att beskriva mutationer i QRDR-regionen ämnar ge kunskaper om mutationer kopplade till fluorokinolonresistens hos M.genitalium isolat.
Publisher Malmö universitet/Hälsa och samhälle
Language swe (iso)
Subject DNA-gyras subunit A
fluorokinoloner
gyrA gen
Mycoplasma genitalium
parC gen
topoisomeras IV
Handle http://hdl.handle.net/2043/25632 Permalink to this page
Facebook

This item appears in the following Collection(s)

Details

Search


Browse

My Account

Statistics